2008年
第1回
【開館記念特別展】戸隠と博物館～新種発見物語～ 9/27～11/30
2009年
第2回
【春の企画展】博物館ができるまで 4/25～6/14
第3回
【夏の企画展】水辺の生き物 7/25～8/30
第4回
【秋の企画展】河原の石ころ 9/19～11/29
2010年
第5回
【春の企画展】昔懐かしい学校教材 4/24～5/30
第6回
【夏の企画展】里山の生き物～カブトでゴー 7/17～8/29
第7回
【信州新町・中条合併記念】巡回化石展 9/18～10/24
第8回
【秋の企画展】河原の石ころ 10/30～11/28
2011年
第9回
【春の企画展】春の植物～アリとの不思議な関係～ 4/29～5/29
第10回
【夏の企画展】骨の動物園２ 7/16～8/31
第11回
【秋の企画展】保科五無斎 没後100年記念展 9/17～11/27
2012年
第12回
【春の企画展】昔懐かしい学校教材 4/18～6/3
第13回
【夏の企画展】貝の世界 7/14～9/2
第14回
【秋の企画展】実と種～7つの物語 10/6～12/2
2013年
第15回
【春の企画展】鳥の世界 4/27～6/2
第16回
【夏の企画展】チャレンジ！草木染め～自然の中に隠された色 7/20～9/1
第17回
【秋の企画展】石ころワールド 9/21～12/1
2014年
第18回
【春の企画展】体験！学校教材 4/26～6/29
第19回
【夏の企画展】長野のゾウ～シンシュウゾウ発掘30周年記念～ 7/19～9/15
第20回
【秋の企画展】木の葉石の世界～植物化石からわかること～ 10/11～11/30
20015年
第21回
【春の企画展】戸隠の植物～春に咲く花々～ 3/21～6/21
第22回
【夏の企画展】みつけてみよう水辺の生き物 7/25～9/27
第23回
【秋の企画展】骨の動物園～みんなでつくった標本たち 9/19～3/27
2016年
第24回
【春の企画展】理科教材 アレコレ！－なつかしい実験道具の世界－ 3/19～6/26
第25回
【夏の企画展】自然の中のキラキラ 7/16～8/28
第26回
【秋の企画展】石ころワールド 9/17～11/27
2017年
第27回
【春の企画展】戸隠七不思議～自然の中のひみつを探る～ 3/18～8/27
第28回
【秋の企画展】昔の教科書～明治から平成まで～ 9/16～12/3
2018年
第29回
【春の企画展】保科五無祭生誕150周年記念～信州をぶっ欠いた男～ 3/24～7/1
第30回
【夏の企画展】めざせ！戸隠山～未知を求めて登った人々～ 7/14～9/2
第31回
【秋の企画展】石ころから探る長野盆地 9/15～12/24
2019年
第32回
【春の企画展】目からうろこの教材たち～昭和の授業を体験！～ 3/16～6/16
第33回
【夏の企画展】理科美図鑑+α こだわりの世界 7/13～9/1
第34回
【秋の企画展】あなたの知らない豆の世界 9/14～12/1
2020年
第35回
【春の企画展】ぼくが見つけたゾウ化石ー小学5年生の大発見ー 3/21～8/30
第36回
【夏の企画展】骨の動物園 7/18～8/30
第37回
【秋の企画展】河原の石ころ 9/12～11/28
2021年
第38回
【春の企画展】戸隠の森のヒミツ～奥社の杉並木 3/20～5/30
第39回
【夏の企画展】戸隠の森のヒミツ２～森にすむ生き物たち 7/10～8/29
第40回
【秋の企画展】戸隠の森のヒミツ３～希少種と外来種 9/18～11/28
2022年
第41回
【春の企画展】わくわくドキドキ理科室たんけん！ 3/19～6/5
第42回
【夏の企画展】海だった長野からはクジラの化石も見つかるので現生クジラの標本も集めてみた 7/16～8/28
第43回
【秋の企画展】河原の石ころ～石ころから見る大地の生い立ち 9/17～11/27
2023年
第44回
【春の企画展】 牧野富太郎博士と戸隠の植物！ 前期 3/18～6/25
第45回
【夏の企画展】 牧野富太郎博士と戸隠の植物！ 後期 7/8～8/27
第46回
【秋の企画展】 身近な素材で草木染め 9/16～11/26
2024年
第47回
【春の企画展】 戸隠 七不思議～大地と水からくらしを読みとく 3/16～6/30
第48回
【夏の企画展】 自然の中のキラキラ 7/13～9/1
今後の企画展のどんぶり計画
【2025】
田中芳男 学術登山150年
シナノホタテ発見100年
【その他 あがったテーマ】
・災害と復興
・微生物
・昔の写真